Accanto alle denominazioni europee, l'elenco nazionale dei Prodotti Agroalimentari Tradizionali tutela produzioni che non hanno un disciplinare DOP o IGP ma un legame documentato con il territorio. Ne sono esempio il Marzolino del Chianti, formaggio pecorino a pasta molle prodotto in primavera, e il Rigatino toscano, pancetta arrotolata aromatizzata con pepe e spezie.
La distinzione fra i tre livelli di riconoscimento non è formale: la Cinta Senese DOP ha un disciplinare europeo che regola razza e alimentazione dei suini, mentre il Tartufo bianco di San Miniato, pur avendo fama nazionale, resta un PAT legato alla tradizione locale di raccolta e non a un disciplinare comunitario.